El fiscal del Distrito Sur de Nueva York, Geoffrey S. Berman, el fiscal del Distrito Sur de Nueva York, Geoffrey S. Berman, indicó en un comunicado que Bonilla habría abusado de su posición y burlaba la ley en una conspiración internacional violenta de tráfico de drogas.
“Juan Carlos Bonilla Valladares, exjefe de la Policía Nacional de Honduras, presuntamente abusó de sus puestos en la policía hondureña para burlar la ley y desempeñar un papel clave en una violenta conspiración internacional de tráfico de drogas”, dijo el fiscal federal, Geoffrey Berman, el 30 de abril del 2020.
Debido a estas presunciones, fue solicitado en extradición por la justicia de los Estados Unidos. Entre los cargos que le imputan están: conspirar para importar cocaína a los Estados Unidos, por usar, transportar y poseer ametralladoras y dispositivos destructivos y un tercero es por conspirar para usar las ametralladoras; estos últimos dos delitos, en el afán de promover la conspiración de importación de cocaína.