Entre 2012 y 2013, Juan Manuel Aguilar Godoy, al momento en que ostentaba el rango de subcomisionado, fue asignado como asistente del entonces director de la Policía Nacional, Juan Carlos «Tigre» Bonilla, quien ahora enfrenta cargos por narcotráfico en Estados Unidos.
En aquel momento, el nombre del ahora director general de la Policía Nacional salió a relucir debido a que protagonizó un intercambio de disparos con asaltantes que intentaron hacerle daño al momento en que ingresaba a su vivienda en la residencial Honduras de la capital Tegucigalpa. Uno de ellos murió.
Años más tarde, exactamente el 11 de septiembre de 2017, una nueva polémica salpicó a Juan Manuel Aguilar Godoy.
Él, junto con otros dos oficiales de la Policía Nacional, fueron denunciados por supuestamente haber torturado a estudiantes universitarios y a defensores de derechos humanos.
La Fiscalía de Derechos Humanos los acusó por abuso de autoridad, tortura, detención ilegal, lesiones, abusos y violación de los deberes de los funcionarios, y los llevó a los tribunales.
Sin embargo, el 1 de junio de 2018, una jueza dictó sobreseimiento definitivo y, aunque la defensa de los supuestos afectados apeló, Aguilar Godoy quedó libre.
Ascenso en la Policía Nacional
Más allá de todo lo anterior, Juan Manuel Aguilar Godoy hoy llega a la cúspide de la institución policial, bajo la confianza de la mandataria hondureña, Xiomara Castro, y del flamante secretario de Seguridad, Gustavo Sánchez.
